1993, Shinjiku est toujours entre de bonnes mains. En effet, Ryo Saeba et ses alliés : Kaori Makimura ; Umibozu ; Saeko Nogami veillent sur les habitants de Shinjiku. Mais divers évènements ont changé. Ryo et Kaori se sont mariés afin d’adopter une jeune femme nommée Xiang Ying, une tueuse à gage connu sous le nom de Glass Heart. Elle apprendra grâce à ses parents adoptifs à apprendre à vivre comme les autres. De cette adoption, l’organisation de M. Li (le vrai père de Xiang) s’alliera à Ryo, lui prêtant main forte à mainte occasion. Umibozu s’est lui marié avec la jeune Miki, avec qui il tient le café Cat’s Eye.


Ces deux derniers ont recueilli Xin Hong, un ancien membre de l'unité Qing Long. Lors d’une mission, il a retrouvé Xiang, et aussi ses sentiments qu’il avait pour elle. Il a alors décidé de combattre à ses côtés. Aujourd’hui, il travaille au Cat’s Eye avec Falcon. Ce dernier a aussi recueilli une petite fille nommée Mikki. Mikki, petite fille des rues, apporte le bonheur aux gens qu’elle croise. Elle a rencontré Umibozu et le commissaire Saeko Nogami lorsqu’ils étaient au plus bas de leur forme. Apprenant que sa mère fut décédée, Falcon décida d’adopter la jeune Mikki.


Néanmoins, la mafia japonaise est toujours présente et de nouveaux ennemis sont apparus. La police de Tokyo s’est renforcée, Saeko Nogami est maintenant à la tête de la police de la ville. Les différentes organisations criminelles se combattent pour avoir le contrôle de la ville. Concernant les Yakuza, divers "Clans" se sont formés pour prendre le contrôle de cette immense organisation du crime japonaise.
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